一部の「板」や「スレッド」において、中華人民共和国（中国）、大韓民国（韓国）、朝鮮民主主義人民共和国（北朝鮮）および、日本などの国およびその国民に対して、時には、差別的用語を使用するなど相互の批判の応酬があまりにも激しいとの指摘がある。これらの批判は開設当初は目立った動きではなく、むしろ避けられたためハングル板などに隔離されていたのだが、時代と共に2ちゃんねる内だけでなく社会的にもその内容がかなり一般化していった。そのため、これに関しては、本来覆い隠されていた真実が広がっただけであるとの反論がある。また、ウィキペディアに対しても、事実に反する内容を是正するため、あるいは、報告するためのスレッド<ref>朝鮮人のWikipedia（ｳｨｷﾍﾟﾃﾞｨｱ）捏造に対抗せよ 21</ref>やまとめウィキ<ref>英語板対応スレ@Wiki</ref>が存在している。

その他、同和利権などを理由にした同和、創価学会・公明党や新興宗教への批判、学歴による差別（特にブランド大学至上主義、「高卒や中卒＝まともな人間でない」というレッテル張り）、精神障害者や知的障害者に対する差別（『キチガイ』や『池沼』などの差別用語の連発）を含む書き込みがなされることがある。ただし同和関係に関しては人権問題板以外ではタブー視されている（あからさまに同和地区を書くと削除されるため、人権問題板に於いてすら大量の削除跡が残り、伏せ字や当て字で書くことが一般的である）。これは前身のあめぞうの閉鎖原因の一つに同和問題があったためと考えられている。荒らしや気に入らない意見を書き込む人を障害者呼ばわりする者もいる。地理お国自慢板で見られるような地域対立感情（特に関西地方などへの罵倒、東京至上主義、県や都市同士での罵倒）も各板で噴出しており、ことあるごとによその地方住民たちを侮辱している。また、一般ユーザが作成するレスやスレッドばかりでなく管理人が直接作成する板の中にも「地下アイドル（AKB48）」というような差別表現を含み、特定個人･団体を誹謗中傷する名称の板が存在する。

これに対し、差別や偏見を臭わせる書き込みは2ちゃんねる以外のYahoo!掲示板などにも見られるほか、掲示板以外の場でも差別、偏見は存在する。差別や偏見は社会現象として表れるものであり、そうした書き込みが2ちゃんねるで見られるのは社会現象の反映でしかなく、2ちゃんねるだけを差別、偏見の場と主張するのはおかしいのではないかとの主張がある。また、2ちゃんねるの利用者は1100万人～1200万人おり、様々な思想を持った人間が存在することから、その中から一部の極端な例だけを取り上げて差別、偏見、罵倒の温床と批判すること自体が、2ちゃんねるを差別と偏見の目で見ているのではないかと主張する意見もある。