医学部、歯学部、獣医学部、薬学部は6年制の教育課程である。 これは上記の学部が、事実上専門職を養成する教育機関である状況や、旧制大学からの伝統などに起因している。

近年、カリキュラムが多様化してきており、ここでは標準的な教育課程を紹介する。

一般教養課程

多くは1・2年次であるが、この過程を1年に短縮して2年次から基礎医学過程を開始する大学や、一般教養・基礎医学・臨床医学を6年間で一貫して教育する大学もある。また、人間性豊かな医師の育成の一環として、一般教養の一部にコミュニケーション授業を導入する大学も増えつつある。病院・施設の見学や患者の介助を主体とした早期体験実習が行われるのもおおよそこの時期である。

基礎医学課程

2年次または3年次より解剖学や生理学を始めとした基礎医学系の課程に進む。この過程は、献体による人体解剖学実習から開始され、講義と実習を並行して行うことが多い。

臨床医学課程

3年次から臨床医学系の課程に進む。内科学、外科学を始めとして、小児科学、産婦人科学、精神医学など、眼科学、整形外科学、放射線医学等すべての臨床医学を学習する。近年では旧来の分野区分通りではなく病院における診療科の臓器別・疾患別の統合と同様に、内科学・外科学等と言ったセクションではなく「消化器系」や「循環器系」等と言った形になってきていることが多くなった。公衆衛生学や法医学等の社会医学も引き続き学習する。

共用試験 (CBT:

Computer Based Testing)

近年一部の大学間で実施されてきた臨床実習に入る前の大学間共通試験である「共用試験（CBT）」が広く普及しつつある。4年次終わり～5年次初めの臨床医学課程終了時期に、などの実技試験も併せて行われている。これは学生がクリニカルクラークシップに参加するにあたり、医師免許が無いものに医業を行わせる違法性を阻却するという一面を持つ。一方、受験料は医師国家試験より高額であるため（共用試験受験料28000円であるのに対し医師国家試験料15300円）、批判の声も出ている。

臨床実習課程

多くは5年次から1年～1年半程度、大学付属病院、あるいは市中病院などの院外施設で臨床実習を行う。ほぼ全ての診療科を少人数グループで一通り全て回る。俗に「ポリクリ」（ポリクリニック）や「クリクラ」「CCS」（クリニカル・クラークシップ）などと呼ばれる。

医師免許取得後の臨床研修病院選考（マッチング）

医師の臨床研修の2年間の義務化によって、医師となった後に、大学病院や一般病院等の臨床研修指定病院の中から、自分がどの病院で研修を受けるかを選択できる制度。6年次の夏頃までに、学生自ら希望の病院を訪れ、その病院の選考試験を受けるのは、いわゆる就職活動と類似しているが、臨床研修はあくまで医師法に定められた義務であるため、その研修先に漏れがないように、日本全国における病院と学生の希望順位を登録させ、コンピュータで一斉にマッチさせる仕組みとなっている。

一般に米国臨床研修病院選考制度の名称から「マッチング制度」と言われている。

卒業試験

最終学年である6年次において行われる。医学部では卒業試験の合格を以って卒業を認められ学士（医学）が送られる。この学士（医学）の取得が医師国家試験の受験資格となる。

卒業によって授与される学位は学士（医学）の学位であるものの、医学を履修する大学院の博士課程（4年制の一貫制博士課程）にはそのまま入学できる。