1988年、韓国国会で開かれた聴聞会では、5月21日13時に道庁前で行われた群衆への発砲を誰が命令したのかが大きな争点となった。全斗煥、鄭鎬容などはこれを否認しており、発砲が軍上層部の事前承認によるのか、現場の指揮官の判断によるのかは、未だ明らかとなっていない。18日から19日に行われた戒厳軍の無差別鎮圧が、デモ群集だけでなく女性や労弱者を含む市民を対象にしていたことも究明の余地を残している。事件の犠牲者数についても、政府発表と諸団体の主張に隔たりが存在している。

事件の発端となったデモが、純粋な市民運動でなく、北朝鮮やそのシンパが起こしたものであると主張する意見が韓国の保守右翼系からしばしば提起される。これは当時の軍事政権の公式見解であったが、1995年、事件の責任者らが国家内乱罪として処罰をうけ、事件の責任者の一員である盧泰愚自身が大統領に就任してからこの事件を民主化運動として認めた事実にもかかわらず、根強く主張されている。この手の主張は朝鮮戦争以来の反共イデオロギーに沿って軍事政権が宣伝したものであるうえ、軍事政権支持派による誹謗として一般に批判をうけている。2006年に朝鮮日報は、大隊規模の北朝鮮軍が潜入して光州事件の戦闘に参加していたとする北朝鮮の元軍人の証言<ref> </ref>を報じて、光州事件の関連団体は、元軍人らの証言や証拠に対して反論<ref>

</ref>した。