1960年代後半以降、大学の移転が相次ぎ、国内有数の学園都市として整備されている。1980年代以降、図書館・文化ホールなどの社会教育施設の整備が進んだが、市の行財政改革により、施設の仕様や、運営の見直しが進んでいる。

市の郊外にあたる丘陵地帯には大学が点在し、市内および隣接境界地域を含めると23の大学・短期大学・高等専門学校がある。

小泉内閣が進めた構造改革特別区域構想にともない、2003年4月21日、「不登校児童・生徒のための体験型学校特区」に認定され、2004年4月、小中一貫校である東京都八王子市立高尾山学園が開校した。加えて2005年11月22日、「情報産業人材育成特区」にも認定され、2006年7月、株式会社立デジタルハリウッド大学八王子制作スタジオが開校した。

2004年4月から、市立の小学校・中学校に学校選択制度が導入された。小学校では指定校と隣接校から、中学校は市内全域のすべての学校から、通学する学校を選択することができる。