2007年度の当初予算規模は約3,346億円である。市債残高は2006年度末時点で2,659億円となり、ピークであった2000年度の3,184億円から525億円減少している。単年度の歳入における地方債依存度は年々低下し、2005年度では4.2%であった。市債の発行目的は主に小中学校の校舎建設や都市計画事業、住民税の減税補填の費用であった。施設整備などの投資的経費の減少により地方債の発行が抑制されたため、2007年度の歳入に占める自主財源の比率は62.8%である<ref>八王子市 - 市の予算</ref>。

2001年度のラスパイレス指数は105.0で指定都市を除く全市区町村の中では8番目に高く、東京26市の中では7番目に高かったが、給与の引き下げなどの対策によって2006年度は101.8で全国でも20位となった。2005年度決算における歳出に対する人件費比率は20.3%で、年々縮減される傾向にある。