東京都の耕地面積は8,460ヘクタール（2003年、農林水産省）で、全国最低である。農地は多摩地域に集中し、区部の農地は年々縮小している。農地が全くない地区もある。東京都では、大消費地に近い地理的特性から、野菜・果樹・花卉が主に生産されており、小松菜、ホウレンソウが主要な生産物である。特に小松菜は、中央卸売市場の総入荷量の内、32.5パーセント（2000年、東京都）を占める。昔は練馬大根が特産物であったが、現在ではあまり生産されていない。

畜産業は、都市化の急激な進展によって、年々生産者が減りつつあるが、大消費地に近いという有利な条件を生かし、生産者は経営体質の強化を図っている。財団法人東京都農林水産振興財団・青梅畜産センター（旧：東京都畜産試験場）が新品種の開発に力を入れており、これまでに「TOKYO X」（豚）、「東京しゃも」（軍鶏）、「東京うこっけい」（烏骨鶏）が開発されている。中でも「TOKYO X」はブランドとしての認知度が高まりつつある。

林業は、木材価格の低下、林業経営費用の上昇、林業従事者の高齢化などの要因により、衰退の一途を辿っている。東京都の森林面積は、東京都の総面積の約36.0パーセントを占め、特に多摩地域西部の、あきる野市、青梅市、奥多摩町、八王子市、日の出町、檜原村などに、スギやヒノキなどから成る多くの山林があるが、森林の荒廃が進みつつあり、環境問題ともなっている。特に、奥多摩の森林から毎年発生する大量の杉花粉は、花粉症の原因として、住民の生活に多大な悪影響を及ぼしている。

水産業は島嶼部で主要な産業の一つとなっている。かつて東京湾は「江戸前の海」と呼ばれ、江戸前寿司の語源となるような漁場であった。現在の水産業の中心は島嶼部であり、伊豆大島付近、八丈島付近の海域での漁獲量が多い。種類としては、鰹、鶏冠海苔、鯵が多い。くさやの干物のような特産物もある。