東京都の財政状況は、景気の回復による都税収入の増加と、石原慎太郎都知事による施政下での緊縮財政によって、2000年前後の最悪の水準から大幅に回復し、一般会計が他の会計から借り入れる「隠れ借金」も2006年度で完済する目処が立ち、2005年度の一般会計では16年ぶりの黒字決算となった。起債依存度は全国の自治体で最低の5.8パーセントと財政の健全化が進んでいる。

一方で、特別会計や監理団体なども含めた東京都の連結での負債は、2004年度末に16兆9,508億円、都民一人当たりの負債額は約135万円と共に全国最多であり<ref>東京都財務局『東京都の機能するバランスシート（平成16年度決算版）』、平成17年12月、23ページ</ref>、特別会計や監理団体の財政は厳しい。2006年度の実質公債費比率は17.1パーセントと、全国で8番目に悪い<ref>『総務省 平成18年度 実質公債費比率の算定結果（速報）』、同HTML</ref>。

連結での財政を悪化させている要因は第三セクターの財政問題である。東京都が推進した臨海副都心開発事業では、東京テレポートセンター、東京臨海副都心建設、竹芝地域開発、東京ファッションタウン、タイム二十四の臨海関連第三セクター5社が相次いで経営破綻するなどの問題が発生し、5社の頭文字を取って「5T問題」と呼ばれた。他にも、国際貿易センター、東京臨海高速鉄道、東京都地下鉄建設、多摩ニュータウン開発センターなどの問題を抱えている。また、石原都知事の主導により中小企業金融を名目としてに設立された新銀行東京は、巨額の赤字を計上し、東京都による追加出資が必要となる事態となっている。

生活保護を受けている世帯は、2005年4月現在140,848世帯で、人数は187,773人に上る。