東京都は、東京都の域内における広域自治体の名称でもある。東京都の議決機関は東京都議会である。執行機関は東京都知事を長とする東京都庁であり、地域全体の広域行政と、東京都区部の区域における都市行政を担っている。東京都庁は、いわば市役所と県庁の両方の機能を持っているが、東京都は多摩地域と島嶼部も行政区域としているため、ソウル特別市やベルリン市のような「一市単独で広域自治体を形成する自治体」とは、性質の異なる自治体となっている。しかし、近年は特別区への権限委譲が進んでいるため、普通の道府県と変わらなくなっており、東京都の特殊性は形骸化しつつある。

域内における基礎自治体（市町村）は26市・5町・8村がある。他に特別地方公共団体である23区の特別区がある。特別区は、市に準ずる基礎的地方公共団体とされており、日本では東京都の区域内にのみ存在する。特別区は、他の政令指定都市の「区」とは大きく形態が異なる。区長は公選制であり、近年には都からの権限委譲が進んでおりほとんど「市」と同様の自治体になっている。しかし、 住民が区から市への名称変更に抵抗があること、 残る権限委譲についてまとまってないことから未だに「区」との名称が残っている。

このほか、域内における地方公共団体として、特別区の一部事務組合である特別区人事・厚生事務組合、東京二十三区清掃一部事務組合（旧：東京都清掃局）、特別区競馬組合、市町村の一部事務組合（34団体）、財産区（1市2町に8つの財産区）がある。