東京都は一般に、「区部」（東京23区、旧東京市）、「多摩地域」、「島嶼部」（伊豆諸島・小笠原諸島）の3地域に分けられることが多い。

区部では、皇居を基準として、「城北」、「城東」、「城南」、「城西」という呼び方をすることがある。区部の西側は武蔵野台地の末端部であることから「山の手」とも呼ばれる。区部の中心部には都市機能が集積しており「都心」と呼ばれる。「都心」の範囲は、統一された定義はないが、最も狭い意味では千代田区、中央区、港区の「都心3区」を指すことが多く、広い意味では区部全体が「都心」と呼ばれることもある。東京都庁では各種の都市計画において副都心を策定しており、今日では新宿副都心、池袋副都心、渋谷副都心、上野・浅草副都心、錦糸町・亀戸副都心、大崎・品川副都心、東京臨海副都心の7箇所を「副都心」と呼ぶことがある。

多摩地域は、東多摩郡以外の南多摩郡、北多摩郡、西多摩郡からなる地域であると言う意味から「三多摩」とも呼ばれる。多摩地域はさらに「市部」と「西多摩郡」に区分されることもある。「都内」「東京都内」と言うと、多摩地域と島嶼部も含めて全域を指すが、区部のみを「都内」と呼んで、多摩地域を「都下」と呼ぶ事もある。これは、「県内」と「県下」が同義であることを考えるとおかしな表現であるが、かつて「東京市内」「東京府下」とされた呼称が、都制施行時に「東京都内」「東京都下」に呼び変えられたことで起こった慣習的な表現だと言われている。「都下」という呼び方は、「都下スポーツ大会」のように公的にも使われていたこともあるが、見下しているともみなせる表現であるため現在では使われることは少ない。

島嶼部は、「大島支庁」「三宅支庁」「八丈支庁」「小笠原支庁」に区分されることもあるが、これは東京都庁の支庁の事務的な管轄範囲で区分するものであり、区域内の町村が支庁に属するわけではない。例えば、小笠原村の住所は「東京都小笠原村」であり、「東京都小笠原支庁小笠原村」ではない。