「両岸」とは台湾海峡を挟んだ中国大陸と台湾の海岸を指しており、そこから「両岸関係」は台湾を実効支配する中華民国と中華人民共和国との関係を指す言葉となっている。

1946年から激化した国共内戦に勝利した中国共産党が1949年に中華人民共和国を中国に建国、同年中に国民政府は、日本が領有権を放棄した後に実効支配した台湾に移った。それ以来、中華人民共和国は中華民国と「中国における正統政府」の座を巡って対立し、両国共に互いの統治する地域の支配権を主張して譲らなかった。

そのために、中華人民共和国政府は国際連合における「中国」代表権を求めて諸外国に外交的にはたらきかけた他、「中華民国政府が実効統治している台湾を中華人民共和国の領土」とみなして領有権を主張し、「台湾解放」の名の元に金門島への砲撃を度々行なった。その後、冷戦下におけるアメリカとソ連の間の対立や、ソ連と中華人民共和国の対立の激化などの政治バランスの変化に伴い、中華民国が国連の「中国」代表権を喪失して国際的に孤立し、中華人民共和国も改革・開放を推進するようになると、中華人民共和国政府は「一国二制度」といった統一の枠組みの提案や「三通政策」といった穏健的な統一政策を通じて両岸関係の改善を図った。1992年には両国政府関係者が「一国共識、各自表述（「一つの中国」を共通認識とするが、解釈はそれぞれが行う）」の統一原則を確認するまでに至った。

だが、1990年代に入ると、中華民国では李登輝中華民国総統による政治体制の民主化が進められ、それに伴い中華民国では、中華民国とは別個の「台湾」という国家を創り上げる台湾独立運動（台独運動）が活発化し始めた。このような動きに対し、中華人民共和国は総統選挙（1996年から実施）における台独派（泛緑連盟）候補者の当選阻止を目指して軍事演習で威嚇するなど強硬姿勢をとった。しかし、いずれの選挙においても阻止するには至らなかった。このことを教訓としてか、2005年3月14日には中華人民共和国で反国家分裂法が成立した。この法律は中華人民共和国による中華民国の武力併合に法的根拠を与えることを名目とする。こうした経緯で、今日の中華民国と中華人民共和国の関係は、台湾問題として東アジア地域の不安定要素とみる見方も一部で存在する。

中華民国にも「台独」に反対する「中国派」の人々（泛藍連盟）が存在している。こうした動きにおいては、中国国民党が有力な存在である。国民党党首・連戦は、2005年4月26日～5月3日にかけて中華人民共和国を訪問、共産党党首・胡錦濤と60年ぶりの国共首脳会談を実施した。

2008年に中国国民党の馬英九が中華民国総統に選出され、中華民国で8年ぶりに国民党政権が戻ってきてからは、両岸関係は改善傾向がみられる。また、近年の中華人民共和国の経済成長を反映して、中華人民共和国と中華民国の経済関係は非常に深まっている。2008年12月15日には、「三通」が実現した。