中華人民共和国にはいくつかの分離・独立運動がある。

チベット自治区

1950年に中国政府は人民解放軍を中央チベットに派兵、1951年にラサを占領し、チベット全土を侵略したが、1959年に「改革」に反発したチベット人が蜂起（「チベット動乱」）した。しかし中国軍の強力な反撃により弾圧され、ダライ・ラマ14世は多数の難民と共にインドへ脱出して、亡命政府を樹立した。現在ダライ・ラマ率いるチベット亡命政府が中国共産党に対してチベットの自治権拡大を要求している。

2008年3月14日には、チベット自治区ラサで、中国政府に対する僧侶や市民の抗議行動が激化し、中心部の商店街から出火、武装警察（中国人民武装警察部隊）などが鎮圧に当たり多数の死傷者が出た。チベット亡命政府によると確認されただけで死者は少なくとも80人はいると発表された。それと同時に世界各国の中国大使館前でも中国政府への抗議活動が繰り広げられた。<ref>2008年3月17日時事通信</ref>

新疆ウイグル自治区

新疆ウイグル自治区（東トルキスタン）の分離・独立を目指す組織勢力が国内外に多数存在しており、アメリカで東トルキスタン亡命政府を樹立するなど活動を行なっている。特に新疆ウイグル自治区については、中華人民共和国政府が情報統制を行なっているために、中華人民共和国国内における独立運動の性質、規模等は明らかではないが、 チベット自治区と同様に虐殺・虐待事件が多発しているのではないかと一部から指摘されている。国際的にテロリスト（イスラム過激派）を取り締まる動きが強化されているため、中華人民共和国内での運動は沈静化していると言う見方もある（東トルキスタン独立運動を参照）。

内モンゴル自治区

現在、内モンゴル自治区で組織的な独立運動は行われておらず、モンゴル人は自治区内でもマイノリティに転落している。但し、過去の中華人民共和国政府は内モンゴルにおける分離運動を警戒していた。1995年にはモンゴル人の高度な自治を要求する組織「南モンゴル民主連盟」（SMDA）を「分離活動を行なう」非合法組織として告発し、70名以上のメンバーを逮捕、「国家分離とスパイ活動」罪などで裁いている（当時SMDAが要求していた自治は、中華人民共和国の憲法で保証されているモンゴル人のための高度自治であった）。