現在市内には、主要な総合医療機関に以下の6つがある。

• 独立行政法人国立病院機構関門医療センター（三次救急、旧称：国立下関病院）
• 下関市立中央病院（二次救急）
• 下関厚生病院（二次救急）
• 済生会下関総合病院（二次救急）
• 下関市立済生会豊浦病院（旧称：国立山口病院）
• 下関市立豊田中央病院

なお、かつて二次救急を担う4医療機関はすべて本庁地区に所在していたが、2005年4月に済生会が安岡地区に移転、また、関門医療センターの長府地区への移転が予定されており、救急指定病院の集中度が緩和された。それでも、4医療機関のすべてが旧市部に所在する状況は変わらず、旧郡部からの移動が1時間を超える地域もあるため、救急医療体制や交通網のさらなる充実が課題となっている。 （ただし、旧郡部の北側では、長門市の二次救急医療機関を利用するほうが少ない移動時間で済む場合がある。）