唐戸に隣接する南部町（なべちょう）に本庁を置くほか、2005年（平成17年）の合併前の旧郡部の各町に総合支所（4箇所）、旧下関市内に12支所、総合支所管内に11支所を配する。また、3つのサテライトオフィスと1つの事務所（東京事務所）を置いている。

2004年の広域合併以降、市庁舎の位置を巡って紆余曲折が見られる。