その後、盧の逮捕も近いのではと思われていた矢先の同年5月23日早朝、慶尚南道の金海市郊外の烽下村にある自宅の裏山のミミズク岩と呼ばれる岩崖から投身自殺を図り、頭部を強打するなどして3時間後に死去した<ref>『盧前大統領は私邸裏山の岩から投身、警察会見』 聯合ニュース、2009年5月23日</ref>。先の事情聴取から1ヶ月足らずの出来事であり、韓国の報道機関は一般の番組を中断して特別報道番組を組むなど、韓国内に大きな衝撃を与えた。

これに際して、盧が常用したとされるPCから自身が書いたと思われる遺書が発見され、その全文が公開されている。「非常に多くの人に面倒をかけた。（以下略）」と、上記の贈賄疑惑に関する心境が書かれていた<ref>『＜盧前大統領逝去＞遺書全文』聯合ニュース、2009年5月23日</ref>。尚、その内容については、全文公開以前の側近により一部公表されていたものとは、大きく文面が異なる部分もあった<ref>『盧前大統領の遺書、一部公表』 朝鮮日報、2009年5月23日</ref>。

韓国国民の56%が李明博大統領は盧武鉉前大統領の死について謝罪するべきだとしている<ref name=hankyorehJun.1,2009>More than half of Koreans believe President Lee must apologize for Roh’s death Hankyoreh Jun.1,2009</ref>。6月3日には、学界からはソウル大学教授124名が李明博大統領に謝罪を求める宣言文を出し、中央大学教授68人も謝罪と総辞職を求める宣言を出した<ref>盧前大統領死去：ソウル大教授124人、政府に謝罪要求 朝鮮日報 2009/06/04付 閲覧 </ref><ref>【盧前大統領逝去】ソウル大教授、李明博政府に謝罪を要求 中央日報 2009.06.04 </ref>。同日、林采珍検察総長が辞表を提出することとなり、「原則と正道、節制と品格に基づいた正しい捜査、政治的不公正論争のない公正な捜査で、国民の信頼を一段階高めようとしたが、力不足だった」などとした声明も出した<ref>1 中央日報 2009.06.04 </ref>。