1988年に統一民主党（当時）の金泳三に抜擢され、同年4月に行なわれた13代国会議員選挙で当選し、政界入りした。国会の労働委員会では、李海や李相洙とともに「労働委員会三銃士」と呼ばれ、活発な活動を行った。同年、第五共和国の不正調査特別委員会の委員となり、第五共和国聴聞会における全斗煥時代の不正追及の場面がテレビ中継されたことがきっかけで、国民的スターになった。

1990年に民主党の金泳三派が盧泰愚の民主正義党、金鍾泌の新民主共和党と合党し（三党合同）、大与党・民主自由党を結成した。盧武鉉はこれを野合として合同への参加を拒み、他の議員とともに1990年6月に改めて結成された民主党に加わり野党に残った。盧武鉉は金大中率いる新民主連合党との野党統合運動を推進し、1991年9月に統合野党としての新・民主党を発足させた。

その結果、恩師でもあった金泳三に睨まれることになり、1992年には14代国会議員選挙で落選。1995年の釜山市長選挙および翌1996年の15代国会議員選挙も落選した。1998年の補選にてようやく国会議員（ソウル市鐘路区<ref>この補選は1996年の国会議員選挙で同区から当選した李明博（ハンナラ党）がこの年に行なわれたソウル特別市の市長選挙に出馬するため、議員辞職したことに伴って実施されたが、選挙法違反の裁判で有罪判決が言い渡されたため、李明博はハンナラ党の市長候補を決定するための予備選挙からの撤退を余儀なくされた。</ref>で当選。新政治国民会議）に復帰した。2000年の16代国会議員選挙でソウル・鐘路区ではなく釜山市の北・江西乙選挙区から出馬(新千年民主党)し、再度落選するが、勝てなくても立候補し続ける姿が一部の国民の共感を得て、2000年にインターネット上で盧武鉉のサポーター組織「ノサモ」（ノムヒョヌル・サランハヌン・モイム＝盧武鉉を愛する集まりの意）が結成された。

2000年8月、盧武鉉は金大中政権の海洋水産部の長官に任命された。これは湖南（全羅道）を地盤とする民主党が、民主党の支持が薄い嶺南（慶尚道）出身者を次期大統領候補（のひとり）として遇しようとしたためと言われている。