上記のように国旗としての日章旗は多くの日本国民に受容されている。ただし、主に教育界で国旗掲揚が強制されているとする認識により（国旗及び国歌に関する法律参照）日章旗に対する議論や批判はみられる。いわゆる左翼勢力である日本社会党・日本共産党・新社会党・日本教職員組合・全日本教職員組合、朝日新聞を中心に毎日新聞・中日新聞・東京新聞・琉球新報等でも国歌（君が代）とともに国旗である日章旗掲揚に対して希に批判的な記事が掲載される。ただし、これらの媒体においても、日章旗を国旗とすること自体への否定論は現在ではほとんど見ることはなくなった。

なお、かつては創価学会・公明党等が日章旗への批判を行うなど、日章旗への反発は比較的広く存在していた<ref>国旗及び国歌に関する法律</ref>。同じ敗戦国であるドイツが戦後国旗を変えていることと比較して、戦争責任論について語られることもあった（ただし、現在のドイツ国旗は戦前のヴァイマル共和政時代の国旗を採用したものであり、戦前の国旗が復活した形になる。なお、現在のドイツ連邦共和国は戦前のドイツ国とは国家体制上連続しておらず、1935年にドイツ国の国旗として制定されたハーケンクロイツの掲揚は禁止されている。)。日章旗そのものへの反対意見は今ではほとんどなくなっているが、強制とみなす立場から学校での日章旗への掲揚に反対する意見<ref>国旗及び国歌に関する法律</ref>は現在でも後を絶たない。