1990年代末から学校の式典等における日章旗掲揚に係わる問題が頻発、掲揚に反発する教職員（日本教職員組合）とのトラブルから高校校長に自殺者が出るに至った。背景には教育現場における日の丸掲揚と君が代斉唱に対する反対運動があった<ref>国旗及び国歌に関する法律</ref>。このことに対処するため、1999年（平成11年）には国旗国歌法が公布され、正式に国旗として定められた。

なお、大喪時の掲揚方法は、大喪中ノ国旗掲揚方（大正元年閣令第1号）に定められている。