1870年2月27日（明治3年1月27日）制定の商船規則（明治3年太政官布告第57号）に「御國旗」として規定され、日本船の目印として採用された。規格は現行とは若干異なり、縦横比は7対10、日章は旗の中心から旗竿側に横の長さの100分の1ずれた位置とされていた。この日を記念して国旗協会は国旗制定記念日を制定し、国旗掲揚の日としている。

以後、日章旗は国旗として扱われるようになったが、「国旗」としての法的な裏付けは太政官布告のままであり、により再度廃案となり、結局成立しなかった。