第二次ネオ・ジオン抗争、別名「シャアの反乱」の終結によって地球圏には束の間の平穏が訪れた。

それから3年後、宇宙世紀0096年。工業コロニー「インダストリアル7」において、とある謀議が交わされようとしていた。地球連邦政府を裏から操ると言われるビスト財団が、ネオ・ジオン残党軍「袖付き」に最高機密「ラプラスの箱」を引き渡すという。

一方、アナハイム工専に通う少年バナージ・リンクスは、オードリー・バーンと名乗る謎めいた少女と出会う。新たな戦争の火種となり得る箱の取引を阻止するべく、たった一人で行動を起こした彼女を手助けするうちに、代わり映えのしない毎日にずれを感じていたバナージは次第にオードリーに惹かれていく。

だが取引を察知した地球連邦軍の軍事介入により、火の海と化すコロニー。仲間達と必死の思いで避難しながらもオードリーの姿を捜し求めるバナージの前に、財団当主カーディアス・ビストが現れる。バナージは瀕死のカーディアスから出生の秘密を知らされた上、箱の鍵となるモビルスーツ、ユニコーンガンダムを託されることになる。