幅広い診療能力の習得を目的に、内科・外科・産婦人科など複数の科で研修するカリキュラムを組むこととされているが、こうした研修を初めて実施する施設も多く、研修の質の確保が今後の課題とされる。もっとも、短期間ローテーションしたところで本当に習得できるのかといった根本的な問題点や、希望するつもりもない科を回ることは時間の無駄であるという意見もあり、2010年度からのプログラム変更によってどのように改善されるのか注目すべきといえる。

=== 診療科の選別=== 新臨床研修制度により、新任医師は志望科にかかわらず多くの科をローテーションするようになった。しかし、特に外科系では、長時間に及ぶ手術など、本来の目的である幅広い診療能力の習得とはかけ離れた内容の研修が行われているのが現状である。その結果、現実を直視し、過重な専門科・訴訟リスクの高い専門科・QOMLの低い専門科を選択しなくなってきた。そのため、多忙な科や、常に緊急対応の必要な科ほど不人気になり、人員不足に陥る悪循環が発生しつつある。