新制度では研修医に対する適切な処遇の確保を謳っているが、実際には国は十分な財源の確保をしておらず、それをうやむやにするために給与も諸経費も一括して研修施設に交付し、その後の使い道は各施設に丸投げしてしまった。すなわち研修医の給与にどれだけ回すかに関して各施設の裁量を認めており、適切な処遇がされない可能性を残している。 実際には、国は各研修施設に月30万円程度の給与を支払うよう求める一方で、補助されるのは経費込みで月10数万程度である。厚生労働省の調査で全国平均30万円を達成しているとされているが、これは高待遇の地方の民間病院と、給与の低い都市部の大学病院やその関連施設との平均に過ぎず、実態を反映していない、との指摘がある。