新しい臨床研修制度は2004年4月1日にスタートした。プライマリ・ケアを中心とした幅広い診療能力の習得を目的として、2年間の臨床研修を義務化するとともに、適正な給与の支給と研修中のアルバイトの禁止などが定められた。2004年度の研修医の平均給与（年収）は365万円となり2003年度の265万円から約100万の増加を見せ、なかでも大学附属病院で204万円から318万円へと114万円の大幅増となった（臨床研修病院では424万円から422万円へと約2万円の減）<ref>「研修医の平均給与は365万円、2004年度調査」『日経メディカル』2005年7月29日</ref>。

歯科医師の場合は、2006年4月より、1年以上の臨床研修が義務化されることになっているが、多くの歯学部では既に2年間を中心とした臨床研修制度を行っている。

• 「新たな医師臨床研修制度」のホームページ（厚生労働省）