• 横浜市営地下鉄（ブルーライン・グリーンライン）
• 横浜高速鉄道（みなとみらい線）…2012年度より東急東横線を経由して東京地下鉄副都心線に乗り入れる予定
• 埼玉高速鉄道（埼玉高速鉄道線）…南北線とともに東京7号線の一部に指定された路線
• 東京臨海高速鉄道（りんかい線）

このほかにもJR総武快速線・横須賀線（錦糸町 - 品川間）、JR京葉線（東京 - 潮見間）、つくばエクスプレス、東急田園都市線（11号線の一部・渋谷 - 二子玉川間）、京王新線（10号線の一部）、西武有楽町線（8号線の一部）などが地下を走る路線ではあるが、総距離に対する地下区間の距離との関係などから、一般的に「地下鉄」とはあまり認識されていない。