2005年10月、第3次小泉改造内閣が発足。麻生太郎が外務大臣に、谷垣禎一が財務大臣に、安倍晋三が内閣官房長官に起用された。

8月15日の終戦記念日に小泉は最初の総裁選の公約を果たして靖国神社へ参拝した。

2006年9月20日の自民党総裁選では、選挙前から確実視された安倍晋三が後継に選ばれる。翌9月21日 に小泉の自民党総裁任期は満了し、9月26日 に小泉内閣は総辞職して内閣総理大臣を退任した。任期満了による退任は1987年の中曽根政権以来であり、また、戦後3位の長期政権となった。