1994年、社会党委員長の村山富市を首班とする自社さ連立政権で自民党は政権に復帰し、野中広務らの平成研究会（旧竹下派）が主導的な力を持つようになった。

1995年の参議院議員選挙で自民党は新進党に敗北、河野は続投を望んだが、平成研究会は政策通で人気のある橋本龍太郎を擁立した。小泉らの清和会は河野を支持したが、情勢不利を悟った河野が出馬断念を表明したことで、橋本の総裁就任は確実になった。無投票で総裁が決まることを阻止したい小泉らは森喜朗（清和会）擁立を図るが森が辞退したため、結局、小泉が自ら出馬することを決めた。

郵政民営化を主張する小泉は党内で反発を買っており、出馬に必要な推薦人30人を集めることができたことがニュースになる有り様だったが、安倍晋三ら若手議員のグループが小泉を推した。結果は橋本の圧勝に終わったが、総裁選出馬により郵政民営化論を世間にアピールして存在感を示すことはできた。

1996年に橋本内閣が成立すると、第2次橋本内閣で再び厚生大臣に就任する。小泉は自説を曲げず「郵政民営化できなければ大臣を辞める」と発言、国会答弁で「新進党が郵政三事業民営化法案を出したら賛成する」と郵政民営化を主張したときは、与党から野次を受け、逆に野党から拍手を受けることもあった。同年、在職25年を迎えたが永年在職表彰を辞退した。

1998年の参議院議員選挙、自民党は大敗を喫し、橋本は総理大臣を辞任した。後継として、小渕恵三、梶山静六と共に小泉も立候補したが、盟友の山崎・加藤の支持も取り付けられず、自身の清和会すらも固められず最下位に終わった。