2004年の鈴木編集長の就任以来、読売新聞および渡辺恒雄会長を徹底的に批判しているが、読売から損害賠償請求や謝罪広告を求める訴訟を起こされ、ことごとく文春側が敗訴している。

• 2004年8月26日号の巻頭グラビアに「ワンマンの末路」と題して、自宅マンションでガウン姿の渡辺の写真を掲載。
  • 2005年10月27日、東京地裁（貝阿弥裁判長）は、週刊文春のグラビア「ワンマンの末路」（2004年8月26日号）について、「自宅でガウンを着ている姿は社会的緊張から解放された無防備な状態で純粋な私的領域。公共の利害に関する事項と言えず、プライバシー侵害に当たる」として文藝春秋側に200万円の支払いを命じた。
• 2004年9月9日号で、「『ナベツネを斬ったのは俺だ!』と豪語する読売新聞最高幹部」を掲載。読売新聞の内山斉社長が巨人軍の渡辺オーナーを辞任させたとする内容。
  • 2004年9月24日、読売新聞と内山斉社長が、東京地裁に「事実無根の記事」として文藝春秋と編集長に計6000万円の損害賠償と謝罪広告を求める訴訟を起こす。
  • 2006年3月20日、東京地裁（金井康雄裁判長）は、週刊文春の「『ナベツネを斬ったのは俺だ!』と豪語する読売新聞最高幹部」（2004年9月9日号）について、「記事は事実と言えず、裏付けるための取材も行っていない」として、文春側に計300万円の支払いを命じた。
• 2004年10月7日号で、「仙台ウォーズ ナベツネ帝国の逆襲 楽天三木谷に「ライブドア潰し」を哀願した巨人軍桃井球団社長」を掲載。読売新聞紙面の週刊文春の広告から、「仙台ウォーズ ナベツネ帝国の逆襲」「した巨人軍桃井球団社長」の部分が黒塗りで掲載された。桃井恒和球団社長らが楽天本社を訪れ、「新球団に名乗りを上げてくれ」と三木谷浩史社長に依頼したとされる。
  • 2004年10月7日、読売巨人軍が、週刊文春と文藝春秋に全国紙への謝罪広告の掲載と3000万円の損害賠償を求める訴訟を起こす。桃井社長や球団幹部は三木谷と面会したことも参入を依頼した事実もないと反論。
  • 2006年1月27日、東京地裁（富田善範裁判長）は、週刊文春の「楽天三木谷に「ライブドア潰し」を哀願した巨人軍桃井球団社長」（2004年10月7日号）について、「記事を裏付ける証拠はなく、裏付け取材が行われた形跡もない」として文芸春秋側に300万円の支払いを命じた。
• 2004年10月14日号に、「読売が『高橋由伸父借金11億円』肩代わりの決定的証拠公開」との見出しの記事を掲載。株式会社よみうりが、逆指名の見返りに高橋の父親の債務の肩代わりをしたと報じたが、読売新聞は「入団の密約は無い」と抗議文を送る。
• 2004年11月18・25日号で、「ナベツネ『新聞社主筆の10億円不動産』の謎」という見出しの記事を掲載。渡辺が不正蓄財をしていると公表。
  • 2006年10月30日、東京地裁（綿引穣裁判長）は、週刊文春の「ナベツネ『新聞社主筆の10億円不動産』の謎」（2004年11月18・25日号）について、「不正な蓄財をしていたとうかがわせる資料は一切見当たらない」「記事は真実と信じる相当な理由がなく、許される推論の域も逸脱し、違法」と述べ、謝罪広告の掲載と慰謝料200万円の支払いを命じた。
  • 2007年7月4日、東京高裁（大坪丘裁判長）は、週刊文春の「ナベツネ『新聞社主筆の10億円不動産』の謎」（2004年11月18・25日号）について、「推計の数値に誤りがあり、真実とは認められない」とし、一審の東京地裁判決と同様に200万円の賠償を文芸春秋側に命じた。
• 2005年9月21日から24日まで読売新聞で、「週刊誌はどこへ」という見出しの週刊誌批判キャンペーンを展開。
• 2005年10月6日号で、「読売新聞『週刊誌批判キャンペーン』を嗤う ナベツネ会長は小誌がお嫌い？」を掲載し反論。