様々な理想を掲げ建設された本都市において、建設から30年以上が経過した現在、多くの課題が残った。これらに対処すると共に新たな理想を掲げて今後の方向性を明確にするため、1998年4月に本都市の総合的な計画書である「研究学園地区建設計画」と「周辺開発地区整備計画」が全面改訂された。要点は以下の通りである。

科学技術中枢拠点都市

多くの研究機関が集積する本都市において、その集積効果が十分に発揮されているとはいえない状況である。そのため、「つくばWAN」に代表されるような公的研究機関同士や産官学の連携、「つくば研究支援センター」などが推進している最先端の研究成果を社会に還元するためのベンチャー企業の創設･支援、「つくばサイエンスツアー」のような科学技術に対する理解を深める取り組みなどを行っている。また、国際的な研究拠点として、外国人宿舎の整備やインターナショナルスクールの誘致による外国人研究者の受け入れ強化、つくば国際会議場などのような国際コンペション開催能力の強化も進めている。

広域自立都市圏中核都市

2005年に開通したつくばエクスプレスにより、東京都心との交通アクセスが向上した事に関連し、都心地区(センター地区)周辺の道路や駐車場などの再整備を進めている。また、圏央道の整備により成田空港までの所要時間が約30分に短縮され、国際交流拠点としての利便性向上が図れる。

エコ･ライフ･モデル都市

本都市の建設にあたって、豊かな自然環境の中に科学技術と生活が調和した田園都市を理想に掲げた。今後この理念をさらに推進し、循環型社会の形成や緑豊かな住環境を育むと共に、国際色に豊み、かつ地域の伝統文化を生かした都市づくりを進めている。