ニワトリの起源として単元説と多元説がある。単元説はセキショクヤケイ (Gallus gallus) を祖先とする説である。 多元説（交雑説）はセキショクヤケイ、ハイイロヤケイ (G. sonneratii)、セイロンヤケイ (G. lafayetii) 、アオエリヤケイ (G. varius) のいずれか複数の種が交雑してニワトリとなったとする説である。

なお現在では分子系統学的解析によってセキショクヤケイ単元説がほぼ確定した<ref>* 秋篠宮文仁,他, "ニワトリの起源の分子系統学的解析"： Proc. Natl. Acad. Sci., 93, 6792-6795 abstract</ref>。

野生のヤケイは周辺住民の家禽と交雑が進み遺伝的に純粋なものはいなくなったという。

2007年4月、ノースカロライナ州立大学などの研究チームがティラノサウルスの骨のタンパク質のアミノ酸の配列を解析した結果、ニワトリに最も似ているとの結論になった<ref>『ティラノサウルスはニワトリと近縁!?』、nikkansports.com 2007/04/14。（鳥類の代表としてニワトリのデータが用いられた。鳥類と恐竜の近縁性を実証するものであり、特別にニワトリが恐竜と近縁という意味ではない）。</ref>。

ニワトリの卵については鶏卵参照。