東京市は小学校と旧制中学校、高等女学校を設置していた。ナンバースクールの場合、府立は名称が「東京府立第○中学校（高等女学校）」だったのに対して市立の場合は「第○東京市立中学校（高等女学校）」だった。都制施行の際、東京市立の学校はすべて東京都に移管された。1948年に小学校は特別区に再び移管された。

• 第一東京市立中　⇒　東京都立九段中　⇒　東京都立九段新制高　⇒　東京都立九段高等学校　⇒　千代田区立九段中等教育学校
• 第二東京市立中　⇒　東京都立上野中　⇒　東京都立上野新制高　⇒　東京都立上野高等学校
• 第三東京市立中　⇒　東京都立豊島中　⇒　東京都立文京新制高　⇒　東京都立文京高等学校

• 第一東京市立高女　⇒　東京都立深川新制高　⇒　東京都立深川高等学校
• 第四東京市立高女　⇒　東京都立竹台新制高　⇒　東京都立竹台高等学校