第二次世界大戦中の1943年（昭和18年）7月1日に、内務省主導で東京都制が施行され、地方自治体としての東京市と東京府は廃止され、東京都が設置された。それまでの東京市役所の機能は、以後は東京都庁に移された。旧東京市35区は従来通り、議会（区会）を持つ自治体としての性格を保ちながらも、東京都の直轄下の区とされ、従来東京市の吏員が任命されていた区長には官吏が任命されることとなり、東京都長官の指揮監督を通じて内務省による統制が強化された。

35区は1947年（昭和22年）3月15日に東京22区に再編され、同年5月3日の地方自治法施行により同法の定める特別区となった。同年8月1日、旧練馬町ほか4村の区域が板橋区から分離して練馬区となって東京23区となり、現在に至っている。