内陸国においても、領海に等しい河川・湖沼・運河が存在する場合がある。特に数カ国にまたがる国際河川などの場合は沿岸国は警備・救難等の義務が存在する。この場合、領海が無くても海軍が設置されるケースがある。ボリビア海軍の様に歴史的理由（太平洋戦争、同国参照）に基づいて存続しているケースもあるが、多くの場合は上記の様に内水における警備救難任務がほとんどである。
こうした中で珍しい存在としてハンガリーの陸軍河川部隊がある。同部隊はドナウ川とその周辺河川・湖水において第二次世界大戦期に敷設された機雷の掃討を目的としている。世界であまり見られない河川掃海艇を装備しており、河川哨戒も可能である。

こうした組織では、砲艦など大型の艦艇を装備するケースもあるが、ほとんどの場合が中型〜小型の哨戒艦艇が普通である。海軍として独立せず、陸軍（オーストリア、ハンガリー、スイスなど）や国境警備隊に組み込まれている場合もある。

また、ブラジルやロシアなどの様に国内に航行可能な河川・湖沼がある場合は海軍内に独自に河川部隊を設置している。