海軍の編制は国によって大きく異なるが、基本的には軍政上の単位と戦術上の単位として艦隊がある。艦隊とは単独の指揮官の下で特定の海域を航行する海軍部隊であるとされている。例えばアメリカ海軍の艦隊は軍政上では大西洋と太平洋に配備された二大艦隊から成り、その両方には航空母艦部隊、巡洋艦部隊、駆逐艦部隊、潜水艦部隊、水陸両用部隊、補給部隊などの部隊があり、これらは種類に応じてそれぞれに指揮官が存在している。

また地域間の柔軟な運用が出来るように工夫されており、現在は第2艦隊（大西洋）、第3艦隊（東太平洋）、第5艦隊（中東）、第6艦隊（地中海）、第7艦隊（西太平洋とインド洋）の5つの艦隊が存在しているが、艦艇は担当海域を移動する事によって所属する艦隊が変更になる仕組みを取っている。例えば中東で有事があった場合に第5艦隊が第6艦隊や第7艦隊から増援を受けた場合には、これらの艦艇は第5艦隊所属に切り替わり、指揮系統が一本化される。5つの艦隊司令部は固定されているが、実働部隊は常に流動的であり、必要なところへ必要な兵力が配置できるように合理化されている。

艦隊は戦術的には軍政上の指揮官とも少なからず合致しているが、これは艦艇を艦隊全体としての運用上の基準に適応させるためである。まず3隻から6隻程度の艦艇で一個の小隊を編成し、さらに駆逐艦や潜水艦の二個小隊によって1個駆逐隊や潜水隊、そして3個駆逐隊や潜水隊で水雷戦隊を編成する。そして指揮官は階級によって職責が異なり、例えば少将は航空母艦や巡洋艦の戦隊などを指揮する立場である。