海軍は国防組織の一部局であり、この組織の最高指揮権は国権と同様に大統領や首相、また一部では国防相などが保有している。この部隊の軍事作戦を指揮統制する命令は軍令であり、最高指揮官の軍令が通達されることによって作戦部隊が行動することとなる。軍令の対照として軍事についての行政的分野を軍政というが、軍政部門としては海軍部隊には国防省や海軍省が設置されている。このような軍政機関が予算編成や基地管理などの行政的な業務を行っている。