現在の地名は坂本1～8丁目、下阪本、坂本本町など。日吉大社参道の両側には比叡山の隠居した僧侶が住む里坊が並ぶ。また、穴太衆積み（あのうしゅうづみ、穴太積みとも）と呼ばれる石垣が街路を形成している。この町並みは地域的特色を顕著に示しているものとして、重要伝統的建造物群保存地区に選定されている。

安土桃山時代には、明智光秀により坂本城が築城された。しかし、本能寺の変や続く山崎の戦い後に明智秀満が城に火を放ち、そのまま廃城となっている。