事故調査委員会の事故調査報告書によれば、902便は大分空港への着陸アプローチまでは正常に飛行していたが、着陸後に行うプロペラのリバース（プロペラの角度を変えて推進力を逆にして機体を静止させる機能）もしくは非常ブレーキ操作のいずれかに、不適切な操作または機械の欠陥があったと推定された。しかしながら事故が人的ミスであるか機体の欠陥のいずれであるかは断定されなかった。

なお富士航空は主に西日本のローカル路線を中心に運航していた航空会社であるが、その規模は中小企業であり経営難に陥っていた。そのため事故後の1964年4月1日から、他の同じような弱小航空会社であった日東航空と北日本航空と合併し日本国内航空（後の東亜国内航空 → 日本エアシステム → 現在の日本航空インターナショナル）になることが決定していたが、本事故はその矢先に発生した。