臨海鉄道（JR貨物と、沿線自治体の共同出資で設立された第三セクター鉄道を指す）

• 秋田臨海鉄道
• 鹿島臨海鉄道
• 神奈川臨海鉄道
• 衣浦臨海鉄道
• 京葉臨海鉄道
• 仙台臨海鉄道
• 名古屋臨海鉄道
• 八戸臨海鉄道
• 福島臨海鉄道
• 水島臨海鉄道

倉庫業

• 日本運輸倉庫
• オー・エル・エス
• 大阪鉄道倉庫
• 日本オイルターミナル
• 関西化成品輸送
• 飯田町紙流通センター
• 敦賀ターミナル
• セメントターミナル
• 東京液体化成品センター
• 北海道農産品ターミナル

通運事業

• 日本フレートライナー
• 北海道ジェイアール物流
• ジェイアールエフ・エンジニアリング
• 全国通運
• 国際貨物鉄道システム

鉄道業務受託事業

• ジェイアール貨物・関西ロジスティクス
• ジェイアール貨物・九州ロジスティクス
• ジェイアール貨物・東北ロジスティクス
• ジェイアール貨物・中国ロジスティクス
• ジェイアール貨物・北陸ロジスティクス
• ジェイアール貨物・新潟ロジスティクス
• ジェイアール貨物・北関東ロジスティクス
• ジェイアール貨物・山陽ロジスティクス
• ジェイアール貨物・信州ロジスティクス
• ジェイアール貨物・東海ロジスティクス

関連事業

• ジェイアールエフ商事
• 東京貨物開発
• ジェイアールエフ・ホテル（ホテルメッツ田端を運営）
• ジェイアール貨物・不動産開発
• ジェイアールエフ・パトロールズ
• 北九州貨物鉄道施設保有
• ジェイアール貨物・リサーチセンター
• 運送保証協会
• 日本パレットプール