築堤高架上の名古屋本線乗り場と、地平に設置された各務原線乗り場の2つの部分からなる。かつての美濃町線系統には各務原線構内に専用の乗り場があった。名古屋本線と各務原線の各構内は改札内・改札外ともに連絡通路で結ばれている。

名古屋本線は櫛形2面4線のホームで1 - 4番線が笠松・名鉄一宮・名鉄名古屋・豊橋・中部国際空港・新羽島方面（8両編成対応）、各務原線は櫛形1面2線のホームで5・6番線が三柿野・新鵜沼・犬山・新可児方面（6両編成対応）、その隣に美濃町線直通列車用の1面1線の低床ホームがあり7番線（2両編成対応）となっていたが、7番線は2005年4月1日の美濃町線・田神線廃止に伴い廃止された。現在7番線は6両編成対応の留置線として使用され、2200系などの特急車両が留置されている事が多い。

2004年12月には2番線に油圧緩衝式車止めが設置された。これは前年に発生した過走衝突事故への対策で、現在では名古屋本線の各ホームについて設置が完了し車止め周辺には安全柵も設置されている。

部分的な改良工事を重ねてきた関係で延伸時に嵩上げされた3・4番ホームよりも1・2番ホームの方が僅かに低い位置にあるほか、1番線のみ線路の終端が更に下がってホームに緩い傾斜がついている。各務原線ホームも延伸された先端部分は幅が非常に狭い。なお駅構内の枕木は全て木製のままである。

のりば

名古屋本線ホームの先のJR東海道線と立体交差している部分は名古屋本線で唯一の単線になっており<ref>実際には豊橋 - 平井信号場も名鉄名古屋本線の単線区間であるが、併走するJR飯田線と共有する事で複線として使用している。</ref>、ダイヤ編成時の大きな障害になっている。単線部分が未だ残っているのは両側にJRの高架の支柱があることによる。支柱の幅は複線に対応できるようになっているが、複線化のためには単線部分の橋梁を架け替えるか、築堤を築くにしても撤去する必要があり、仮線敷設のための余地不足や、終電と始発のダイヤの関係上複線化工事は困難と思われる。下り線では単線部分の手前で岐阜行き列車が岐阜発の列車を待っている姿をたびたび目にすることができる。この単線区間の西には国道157号の陸橋・東陸橋が存在していたが、JR線の高架化後撤去された。なおこの単線部分には第2出発信号機が設置され、上り方向へは1分間隔で発車できるようになっている。

名古屋本線と各務原線の両駅舎は改札内の連絡通路で結ばれている。名古屋本線側と各務原線側の双方の駅舎に傘下）を誘致する。

名古屋本線へは西側に面した道路（国道157号：長良橋通り）から大階段で昇れるようになっており、上下エスカレータが各1基とエレベータ2基が設置されている。現在、1階にはサンクスが営業をしている。また、カフェバー「プロント」が2007年12月17日から営業を開始した。

名鉄岐阜駅は長住町ビル建設の際にバリアフリー化され、各務原線ホームへはスロープの設置により段差無しでホームに入れるようになった。また名古屋本線ホームへはビルの店舗外スペースにエレベータと上下エスカレータが設置され、改札外連絡通路を通じてホームに入れる様になっている。2007年7月の新駅舎供用開始後は、改札内にも名古屋本線と各務原線を結ぶエレベータが設置された。

新羽島方面への時刻表には笠松で竹鼻線列車に連絡する列車の時刻も書かれている（日中は急行豊川稲荷行きまたは普通須ヶ口行きが笠松で連絡）。

2004年にトランパスが導入された。比較的早くから自動改札機が導入されている。

現在岐阜市等が主体となり、境川橋梁（岐南 - 茶所間）から名鉄岐阜までの区間を連続立体交差化する計画がある。

名古屋本線と各務原線を結ぶ連絡線は存在しない。 <gallery> 画像:名鉄岐阜駅02.jpg|名鉄岐阜駅各務原線ホーム（2005年7月） 画像:名鉄岐阜駅03.jpg|名鉄岐阜駅ホームから見た単線部分（2005年7月） 画像:Meitetsu870 Shin-Gifu.jpg|美濃町線直通の路面電車タイプの電車が乗り入れていた名鉄岐阜駅7番線（2002年2月） 画像:Meitetsu Gifu Minomachi line ruins.jpg|名鉄岐阜駅7番線跡（左）（2006年9月15日） 画像:Meitetsu-Gifu.jpg|名鉄岐阜駅中央改札への階段（2008年9月） </gallery>