本港区北埠頭

• 桜島フェリー ※24時間運航されている。
  • 鹿児島港（桜島フェリーターミナル） - 桜島フェリーターミナル（袴越）

• 奄美海運（マルエーフェリー系列）：「フェリーあまみ」「フェリーきかい」 ※親会社マルエーフェリーと使用岸壁が違うので注意。
  • 鹿児島港 - 喜界島（湾港） - 奄美大島（名瀬港） - 奄美大島（古仁屋港） - 徳之島（平土野港） - 沖永良部島（知名港）

• 「わかなつおきなわ」 ※2006年9月をもって旅客扱い休止。但し貨物の定期航路は存続強化される。
  • 鹿児島港 - 那覇港 - 平良港 - 石垣港

本港区南埠頭

• 三島村営：「フェリーみしま」
  • 鹿児島港 - 竹島 - 硫黄島 - 黒島

• 十島村営：「フェリーとしま」
  • 鹿児島港 - 口之島 - 中之島 - 平島 - 諏訪之瀬島 - 悪石島 - 小宝島 - 宝島 - 奄美大島（名瀬港）

• コスモライン：貨客船「プリンセスわかさ」
  • 鹿児島港 - 種子島（西之表港）
• 折田汽船：「フェリー屋久島2」
  • 鹿児島港 - 屋久島（宮之浦港）
• いわさきグループ:「フェリー屋久島丸」
  • 鹿児島港 - 屋久島（宮之浦港）

本港区南埠頭（高速船ターミナルビル） ※2007年4月から供用開始。

• 鹿児島商船：高速船「トッピ－」
  • 鹿児島港 - 指宿港 - 種子島（西之表港）（島間港） - 屋久島（宮之浦港）（安房港）
• コスモライン：高速船「ロケット」
  • 鹿児島港 - 種子島（西之表港） - 屋久島（宮之浦港）

新港区（第2待合所）

※県として本港区北埠頭に移転を要請中。

• マリックスライン：「クイーンコーラルプラス」「クイーンコーラル8」
  • 鹿児島港 - 奄美大島（名瀬港） - 徳之島（亀徳港） - 沖永良部島（和泊港） - 与論島（与論港） - 本部港 - 那覇港
• マルエーフェリー：「フェリーあけぼの」「フェリーなみのうえ」
  • 鹿児島港 - 奄美大島（名瀬港） -　徳之島（亀徳港） - 沖永良部島（和泊港） - 与論島（与論港） - 本部港 - 那覇港

鴨池港区（通称：「鴨池フェリーターミナル」）

• 大隅交通ネットワーク
  • 鹿児島港 - 垂水港

谷山港二区（七ッ島地区）

• 鹿児島商船：貨客船「はいびすかす」
  • 鹿児島港 - 種子島（西之表港） - 屋久島（宮之浦港）