明治になると、府内には大分県の県庁が置かれ、1889年(明治22年)の町村制施行により大分町となった。明治の大合併と呼ばれる市町村合併が進む中、1907年(明治40年)に3町村を編入。1911年(明治44年)には市制を施行した。1920年(大正9年)の人口は、4万3,150人であった。