• 国防長官府 (OSD)
  • 国防政策委員会 (DPBAC)
  • 純評価局 (ONA)
  • 監察総監室 (OIG)
    • 国防犯罪捜査局 (DCIS)

• 各軍部門
  • 陸軍省（陸軍を所管）
  • 海軍省（海軍と海兵隊を所管）
  • 空軍省（空軍を所管）

• 統合参謀本部 (JCS)
  • 海軍天文台 (USNO)

• 統合軍
  • 北方軍 (NORTHCOM)
  • 中央軍 (CENTCOM)
  • 欧州軍 (EUCOM)
  • アフリカ軍
  • 太平洋軍 (PACOM)
  • 南方軍 (SOUTHCOM)
  • 特殊作戦軍 (SOCOM)
  • 統合戦力軍 (JFCOM)
  • 戦略軍 (STRATCOM)
  • 輸送軍 (TRANSCOM)

• 国防総省内部部局
  • 国家安全保障局 (NSA)
  • 国家地球空間情報局 (NGA)
  • 国家偵察局 (NRO)
  • 国防法務局 (DLSA)
  • 国防契約監査局 (DCAA)
  • 国防財政会計部 (DFAS)
  • 国防情報局 (DIA)
  • 国防保安部 (DSS)
  • 国防情報システム局 (DISA)
  • 国防安全保障協力局 (DSCA)
  • 国防物資配分局 (DECA)
  • ミサイル防衛局 (MDA)
  • 国防兵站局 (DLA)
  • 国防契約管理局 (DCMA)
  • 国防高等研究計画局 (DARPA)
  • 国防脅威削減局 (DTRA)
  • ペンタゴン防護局 (PFPA)

• 現業部門
  • アメリカ軍広報部 (AFIS)
  • 戦争捕虜・行方不明者局 (DPMO)
  • 国防総省教育本部 (DODEA)
  • 国防総省人材本部 (DODHRA)
  • 経済調整局 (OEA)
  • 国防厚生管理本部 (TMA)
  • ワシントン本部管理部 (WHS)

国家通信システム (NCS) は、2003年に、国土安全保障省へ移管。