幕府権力と将軍権威の復活を目指して、精力的な政治活動を行なっている。伊達晴宗と稙宗（天文17年（1548年））、武田晴信と長尾景虎（永禄元年（1558年））、島津貴久と大友宗麟、毛利元就と尼子晴久（永禄3年（1560年））などの戦国大名同士の抗争の調停を頻繁に行なって、諸大名に将軍の存在を知らしめたのである。

さらに自分の名である「輝」の字を毛利輝元や伊達輝宗・上杉輝虎（謙信）などの諸大名や足利一門の足利輝氏などに与えたりもしている（前名の「藤」は細川藤孝（出家して幽斎）や足利藤氏、筒井藤勝（出家して順慶）などに与えている）。

このような経緯から、将軍として諸大名から認められるようになり、織田信長や上杉謙信などは上洛して拝謁、大友宗麟は鉄砲を献上している。

幕府内においては、政所執事の伊勢貞孝を廃し、新しく摂津晴門を政所執事とした。