囃子は、文化年間に日田郡代の目明であった小山徳太郎が長崎で明笛を習得し、それを祇園囃子として使用したのが始まりであるという。篠笛を主旋律に、太鼓、小太鼓、三味線で構成され、江戸中期から明治大正までの俗曲や端唄などを元にした数十曲目を演奏する。独特な音色で人気があり、特に篠笛は京祇園のものと違い明笛という竹紙を貼るもので、内にこもったような音を出す。

ほとんどの曲は緩やかな曲調であるが、最近では特異にアレンジされた早い曲を演奏する山もある。