2007年11月18日付けの朝日新聞朝刊社説によると開業医の平均年収は2500万円であると報告された。中央社会保険医療協議会が医療従事者・医療施設の経営実態を調べる「医療経済実態調査」（05年6月時点）では、個人開業医の収支差額は2744万円だとした。しかし、この計算には社会保険料や税金、設備投資借入金の返済などの出費が含まれておらず、日本医師会によると、年収平均1,070万円であり<ref>診療所開設者の年収に関する調査（2006年分）</ref>、同規模の中小企業の経営者等とほぼ同額であると示した。また勤務医の平均とされる1100～1400万円より低かった。さらに、大手放送局、大手商社の一般職サラリーマンより年俸が300～500万円程度低く<ref>年収ラボ</ref>、退職金も出ないため、同レベルの学歴を持つ他の職種と比較して生涯賃金が低いと考えられる。

また、厚生労働省発表の「介護保険事業に係る収入のない医療機関の集計（A集計）」（2005年）<ref>「介護保険事業に係る収入のない医療機関の集計（Ａ集計）」厚生労働省</ref>でみると、一般診療所の「収支差の分布」は、平均値を中央とする正規分布ではなく、平均値以下にピークのある偏った分布をしており、平均収支差の200万円以下の診療所が約65％を占めている。また、収支差の段階で赤字の診療所が13%を占めている。