2007年11月18日付けの朝日新聞朝刊社説によると、勤務医の平均年収は約1400万円である。他の調査も大同小異で勤務医の平均給与は1100万円～1400万円程度の報告が多く、大手放送局や大手商社の一般職社員とほぼ同額、もしくは若干低くなる。ただし、これは正規雇用の勤務医の賃金である。また、時間外勤務に関しては、労働基準法を大きく逸脱するケースが多いため正確な申告が出されていないと思われ、サービス残業や無給の拘束時間に関しては信頼できるデータはない。

また、いわゆる日雇い契約で雇用される非正規雇用の医師や、大学院生、研究生などの身分で無給労働を強制される医師も多く、正式な勤務医だけの収入から勤務医全体の平均収入は把握できない。また、個々の医師も上記様々な身分を遍歴し、無給労働期間（研究生・大学院生）、薄給－諸手当・ボーナスなし期間（日雇い契約）、マイナス所得期間（海外留学）をそれぞれ何年間も経験するため、正規雇用期間中だけの収入から生涯賃金を計算することは出来ない。

かつては日雇い契約は研修医、もしくは経験の浅い卒後5年以下の医師だけ、などという不文律があったが、現在はそれも崩壊し、都市部でも経験のある医師が年収400～600万円台で日雇い雇用されているケースが増えている。週100時間以上の勤務を強いられる例も多く、時給が1000円以下になるケースも少なくはない。<ref>http://www.pref.saga.lg.jp/sy-contents/kensei_goiken/entry.html?eid=407</ref>(http://www.pref.saga.lg.jp/sy-contents/kensei_goiken/entry.html?eid=407</ref>); 2008年6月25日付けの神戸新聞に、医師不足に困窮した西宮市立中央病院が待遇改善目的で医師の時間外勤務手当を「日額七千六百五十円（五時間以上）から一万八千円（同）」に増額したと報じられ、これによってそれまで同病院の時間外手当が時給1530円以下だったことが暴露された。<ref>http://www.kobe-np.co.jp/news/hanshin/0001170583.shtml</ref>(http://www.kobe-np.co.jp/news/hanshin/0001170583.shtml</ref>);

さらに、医師は認定医、専門医などの資格を維持するために学会費を支払い、定期的に学会に出席することを必要とされるが、これらの経費は勤務医の場合通常全額自己負担であり、旅費も学会費も通常経費として認められない。