ホテルの空調は、大半がセントラルヒーティング方式であり、温度、湿度の細かな調整は難しい。そのため、極端に寒い/暑い思いをすることや、著しい乾燥によって眼が痛くなる、肌がかゆくなることがしばしばある。セントラルヒーティング方式では熱源機で発生した空調用のエネルギーを冷温水または蒸気で各室に搬送するため、冷温水や蒸気が配管内を流れる音が継続的に聞こえることもある。これが睡眠や作業を妨げる原因になることがある。さらに、館内全体で空気の循環させる方式では、各客室の空気を一括して循環させるため、インフルエンザ等の集団感染の恐れさえあり、季節によっては危険である。

また、部屋ごとに独立したエアコンを用意している場合でも、室外機が独立していない場合には、季節の変わり目に「寒いが暖房が入れられない」あるいは「暑いが冷房が入れられない」というトラブルがしばし発生する。

このような空調に関連する不便、不快さは新しいホテルでは改善される傾向にあるが、値段や新旧に関係せず発生するトラブルであり、また、事前に調べることが極めて難しい項目（フロントが正確に把握していないことがある）の一つである。