赤血球表面の抗原（糖鎖）の多様性による分類法。Fy(a)とFy(b)の2つの抗原の有無によって、Fy(a+b+), Fy(a+b-), Fy(a-b+), Fy(a-b-)の4つの血液型に分けられる。三日熱マラリア原虫はヒトの体内で赤血球表面にあるFy(a)とFy(b)の二つの抗原に結合して赤血球に侵入、増殖する。Fy(a)とFy(b)のどちらの抗原も持たないFy(a-b-)型は三日熱マラリアに抵抗性を示す。Fy(a-b-)型はアフリカのサブサハラの三日熱マラリア流行地に遺伝的起源を持つ人に非常に多いのに対して、それ以外の地域に起源を持つ人にはほとんど存在しない。なお、熱帯熱マラリア原虫は三日熱マラリア原虫とは赤血球への侵入様式が異なるためダフィー式血液型は熱帯熱マラリア抵抗性とは関係がない。