セメントは、水と反応すると水酸化カルシウムを発生させアルカリ性を示す性質がある。そのため、目や鼻、皮膚に対して刺激性があり、セメントが長時間付着した状態が続くと目の角膜や鼻の粘膜、皮膚に炎症が起きる可能性がある。ただし、硬化したセメント（モルタル・コンクリート）の場合は水酸化カルシウムは二酸化炭素と反応し中性の炭酸カルシウムとなっているので、炎症を引き起こす可能性はない。

また、平均粒径が10μm程度の微粉末であるため発塵性があり、多量のセメントを吸引すると塵肺になる可能性がある。天然資源を原料とするためセメントは微量の六価クロムを含んでいる。