阪神・淡路大震災までの一時期、文民統制の原則から、都道府県知事等の要請がなければ絶対に災害派遣行動は出来ないという考え方が主流となっており（独断専行容認はクーデターを認める事につながるとする意見あり）、緊急を要する場合は訓練名目での派遣や近傍派遣の名目で行なわれたこともあったが、阪神・淡路大震災での反省点を踏まえ、現在では「自主派遣」に関する基準が明確化されており、法制定の趣旨に沿った活動が行なわれている。

災害派遣は事態やむを得ない場合に行なわれるもので、「緊急性」「公共性」「非代替性」を総合的に判断して派遣の可否が判断される。平成18年豪雪に伴う災害派遣のように関係者の間で判断が分かれる場合、政府首脳による政治的判断により災害派遣の実施が決定されることもある <ref>長野県ホームページ 飯山市への自衛隊災害派遣について</ref>。