災害派遣部隊の指揮官は警察官や消防官、海上保安官、自治体職員がその場にいない場合に限り、災害派遣活動を円滑に進めるため強制的に避難させたり、工作物を除去するなど警察官などの権限の一部を行使し、自治体職員が取るべき応急措置の一部を行なうことが出来る。ただし、近傍派遣により派遣された場合は含まれない。

同一地域で救援活動に当たる各機関との関係は並列・対等であり、災害対策本部での調整を受けて役割を分担して行なう。また、個々の現場では地域住民やボランティアと協同で活動を行なうこともある。