チェーンや店舗、地域によって異なるが、支払いには一般的な現金の他、各種料金収納代行やタバコなど一部商品を除いてクレジットカード・プリペイドカード・デビットカード・電子マネー（Edy・Suica・WAON・PASMOなど）が使用できるようになっている。

特に昨今、電子マネー導入への動きは急であり、また電子マネーの運営会社側から見ても、その普及の鍵を握るのはコンビニへの導入の拡大であるとされている。

防犯面からも、電子マネーの導入は上述の通り取り扱い金額の高額化が進む中、店舗内の現金を減らし、犯罪に遭った際の被害額を低減する役割が期待されており、この事もあってとりわけ電子マネーについてはコンビニエンスストアが積極的に推進役を担っている。しかし、コンビニで電子マネーのチャージや収納代行などが影響して結局は店舗の現金が増加傾向にあるという一種の自己矛盾も抱えている。

また、オンラインゲームやインターネットショッピングなどに用いられる電子マネーでは、払込受領書・店舗控など3-5枚のレシートやチケットが出される上、電子マネーによっても手順が異なるなど手順が煩雑かつ多岐に渡っている。この為、店員が個別の販売手順を把握しきれない状況も見受けられており、客に渡すべきシリアルナンバーが印刷された伝票の渡し忘れなども散発している。最近ではこれは客とのトラブルが発生する要因の一つになっている。